1931年,魔都“上海”。随着甲午战争、日俄战和第一次世界大战的进展,日本陆军在中国大陆上频繁活动。其中就有着一个历史上所不为人知的秘密组织“樱井机关”存在着。 在霸权国家群雄割据的上海,这一群拥有特殊能力的人并没有在表面的世界有着任何的活跃,而在暗中有组织的进行着各种任务。拥有瞬间移动能力的伊波葛、具备念动力的三好葵、接触感应能力的苑树雪菜、和望远透视能力的键谷枣。他们悄悄活跃在魔都上海,在轮番解决各种案件的同时,也不知不觉地深陷一场恐怖大阴谋当中 。与此同时,传出了日军的一支部队突然消失的消息,就这样,让整个世界撼动的大事件的序章拉开了帷幕……